除了“军卫法”这等“小事”，刘基方方面面都为创建明朝、巩固政权做出卓越的贡献，虽然原先只为开创太平治世，订定原则莫不基于他一片至诚的“仁政”理想，但经过时序演变以及人为败坏，这些典制也因为无法放诸万世皆准，所以有关刘基制典行政的得失，在历史的长河上一直有正反声浪。……例如他与朱元璋共同改变了唐宋以来的科举方法，专取“四书”及《诗》、《书》、《易》、《礼》、《春秋》五经命题，多用仿宋古文的排偶文体试士；这就是当时又叫作“制义”的后代“八股文”。这一考试方法在其后一直沿用了到清末。这一大制度确实影响了后世千万士子超过半世纪以上，它在巩固明清两代的封建制度、规范文化思想上，起到了巨大的作用。

争议的还不只是这样，老实说这位心地至诚，性格正直刚烈又嫉恶如仇的老先生，在天下太平之后，根本就不适合混迹官场，所以前半生他的仕途险峻，明朝立国后，人事纠葛也没饶过他。

洪武元年（1368）五月，太祖到汴梁去，着令刘基与丞相李善长留守京师。偏偏这时刚好发生中书省都事李彬坐贪纵抵罪一事，李彬此人是丞相的亲信，势力很大的李善长亲自为其说情，要刘基拖延处理此案。可惜这位从来不做昧心事的老夫子认为治世的原则是“德刑并用”，宋、元就是因为对待朝臣宽纵而失天下，而今大明创立“宜肃纪纲”！所以不给情面的伯温不顾李善长的阻挠，马上将此事通驿驰奏明太祖，……上报回覆时，当时他正在盛夏的祈雨坛上准备祈雨，想不到他一听回覆，下得坛来马上就将李彬“令出即斩”！从此后，李善长与刘基彻底绝交，结下了梁子。

得罪当朝宰相，这还有得完吗？朱元璋回应天后，李善长马上攻击刘基在盛夏祈雨时，杀人坛壝(音同“尾”意指有矮墙围绕的祭坛。)下，真是大不敬，以致让先前为此事忙里忙外、抚恤救苦的大手笔支出尽付流水，祈雨全然无验，岂不欺君！其他怨恨刘基的人也趁此机会交相诉苦、诬告一番。当时朱元璋半推半就虽然留章未下，但是识相的伯温也就以妻逝为由，自己告老还乡了。

这时正当朱元璋兴冲冲的营建中都凤阳(当年为了营建中都城，全国各地调集了数十万能工巧匠，耗时六年兴建，气势宏伟、豪华侈丽。后世还叫它作“东方巴比伦”呢！这个中国历代都城建筑史上的杰作，后来证明只是乱花钱建了个展示用的皇城与宫殿而已，基本上没啥政治军事上的大用，真的是浪费公帑)，又执意要明军要出塞追歼残元的主力将帅王保保！面对这两项敏感又牵连广大的的政经议题，满朝文武都唯唯诺诺的没人敢建言。所以刘基临走前就直接上书唱反调说：“安徽省凤阳县虽然是您皇上的故乡，但是它地属四散之气，非天子宜居；王保保这件事，您千万不可轻敌。”后来果真被他说中了……不久，王保保在塞外击败明军，大明定西失利，敌人更从此转进沙漠，成为边患。这样的情势可使太祖想起每逢军事行动，预言皆神准又好用的刘基了，觉得现在刘伯温这个人还有很多的利用价值，不能轻易对他放手；于是又亲自修书一封，召他赶快回京供职。