十年民间生涯，中年成家的刘基在此时决定“临危受命”，他参与了镇剿方国珍的机宜，几番运筹之后立即奏效，因为刘基的存在，使得方国珍再不敢轻易进犯宁波，双方也形成了另一套对峙的僵局；情形拖久了，眼见方国珍对朝廷根本无意协定，总是时降时反、予求予取，诈降取利、日渐壮大！刘基便再提出了釜底抽薪的剿捕之计，他倡言不诛方国珍叛贼无以惩后，坚持必须趁胜斩降方国珍，以绝后尤！

刘基此议令方国珍心头大惧，赶忙派人送来金银丝帛厚赂刘基，当然碰了一鼻子灰的他们就想到干脆以重金直接收买朝中核心大臣，岂不更加省事？果然重贿的攻势奏效，昏腐苟安的朝廷竟真的下诏招抚方国珍，朝廷的重臣们全都睁一只眼闭一只眼的昧着良心说这是“两全其美”之计，还责令江浙行省，一定要把这个在地方上“擅作威福”、“不顾民心思安”、“坚持兴战”的刘基革职查办，直接“羁管”于绍兴。……这狠狠的当头一棒血淋淋的敲下来，让这二十几年来对朝廷依然忠忱，任事向来呕心沥血的刘基终于对元朝寒透了心！