4月2日，中央监察委员会会议召开全体会议，参加者包括蔡元培、蒋介石、李宗仁、白崇禧、黄绍竑、李济深、张静江、吴稚晖、李石曾等人，在上海会议中提出检举“共产党连结容纳于国民党之共产党员，同有谋叛证据”，吴稚晖呈文控告共产党且谴责鲍罗廷，阴谋使中国变成苏联殖民地。广州政治分会主席李济深首先发言赞同。会议订立“清党原则”及组“清党委员会”，进行反共清党准备工作。3月29日，中共请示苏联，强调准备抵抗。4月1日，汪精卫穿越西伯利亚再转苏联邮轮，从欧洲赶回上海。蔡元培与蒋介石、吴稚晖、等向汪投诉中共问题。

“九·一八”事变后

“九·一八”事变后主张抗日，拥护国共合作。民国二十一年(1932)与宋庆龄、鲁迅等发起组织中国民权保障同盟，积极开展抗日爱国运动。曾电救杨开慧烈士，援救许德珩等爱国民主人士，营救丁玲、朱宜权等共产党员。1940年3月5日在香港病逝。葬香港仔山巅华人公墓。

教育部北大在诔词中有“当中西文化交接之际，先生应运而生，集中西文化于一身；其量足以容之！其德足以化之！其学足以当之！其才足以择之！呜呼！此先生所以成一代大师欤？”周恩来送挽联：“从排满到抗日战争，先生之志在民族革命；从五四到人权同盟，先生之行在民主自由。”毛泽东特发唁电：“学界泰斗，人世楷模”。

培植家乡青年

蔡元培画像　　蔡元培培植家乡青年不遗余力，先后主办过绍郡中西学堂、绍兴府学堂、越郡公学、明道女校，曾任稽山中学名誉校董。绍兴城区笔飞弄有蔡元培故居，今建为纪念馆，列为浙江省重点文物保护单位。并新建“元培小学”“元培中学”以示纪念。遗着辑有《蔡元培全集》。《中国近现代人名大辞典》有录（中共绍兴县委宣传部供稿）。

蔡元培是20世纪初中国资本主义教育制度的创者。他明确提出废止忠君、尊孔、尚公、尚武、尚实的封建教育宗旨。倡导以军国民教育、实利主义教育为急务，以道德教育为中心，以世界观教育为终极目的，以美育为桥梁的资产阶级民主主义的教育方针，初步建立了资产阶级的新教育体制。

蔡元培的教育实践多在高等教育方面。他任北京大学校长时，提出大学的性质在于研究高深学问。他提倡学术自由，科学民主。主张学与术分校，文与理通科。将“学年制”改为“学分制”，实行“选科制”，积极改进教学方法，精简课程，力主自学，校内实行学生自治，教授治校。他的这些主张和措施，在北京大学推行之后，影响全国，以至有人称他为自由主义教育家。