2月，鲁迅被他邀请到教育部任职。

1912年7月，蔡元培因不愿与袁世凯政府合作而辞职。

1913年，民国二年蔡元培46岁时，再次赴法国从事学术研究，在留欧的三年时间里，又编撰了不少哲学美学着作。

1915年6月，民国四年，蔡元培48岁时，他与李石曾、吴玉章等发起组织华法教育会，在法国倡勤勤工俭学，希望以次组织帮助更多华人到欧洲求学，后来的周恩来、邓小平等均是通过这个组织的帮助后顺利在法国进行学习的。

1916年夏，黎元洪的北京政府终于明令恢复了民国初年的《临时约法》，孙中山、黄兴等一大批流亡海外的革命党人纷纷相约回国，一些浙江籍议员还发电给远在法国的蔡元培，说是要推选他当浙江省督军。

1916年11月8日，蔡元培与吴玉章一起乘船由马赛回国，抵达上海。

1916年12月26日，民国五年，蔡元培49岁时，受命担任北京大学校长。

1917年1月9日，蔡元培发表就任北京大学校长的演说，对学生提出三点要求：一曰抱定宗旨，二曰砥砺德行，三曰敬爱师长，将“抱定宗旨”置于首位。

1917年，蔡元培聘请《新青年》主编陈独秀为文科学长，并聘请李大钊、胡适、钱玄同等“新派”人物在北大任教，采用“思想自由，兼容并包”的办学方针，实行“教授治校”的制度，提倡学术民主，支持新文化运动。

1917年，蔡元培邀请着名哲学家梁漱溟到北京大学讲授印度哲学。

1917年，徐悲鸿应蔡元培之邀从日本东京返北京，任北京大学画法研究会导师。

1917年7月，胡适从美国学成回国，被北京大学校长蔡元培聘为教授。

1917年7月3日，蔡元培在北大发表热情洋溢的就职演说的余热未散，就向黎元洪总统提出辞职了，措辞委婉，但动因沉郁，那就是抗议张勋复辟。

1917年10月，民国六年，蔡元培50岁时，主持教育部召开北京各高等学校代表会议，讨论修改大学规程，北京大学文科提出废年级制，采用选科制的议案，会议议决通过，决定在北大试行。北大选科制规定每周一课时，学完一年为一个单位，本科应修满 80个单位，一半必修，一半选修(理科酌量减少)，修满即可毕业，不拘年限；预科应修满40个单位，必修占四分之三，选修占四分之一。选修科目可以跨系。

1918年，他更明确地指出：“大学为纯粹研究学问之机关，不可视为养成资格之所，亦不可视为贩卖知识之所。学者当有研究学问之兴趣，尤当养成学问家之人格。”